A continuación dejo los comandos necesarios para aplicar permisos de forma recursiva, tomando como base el directorio donde nos encontamos parados.
Poner todos los subfolder de un folder a 755:
find . -type d -exec chmod 755 {} \;
Todos los archivos a 644:
find . -type f -exec chmod 644 {} \;
Establecer solo los archivos que terminen con .php a 644:
find . -name \*\.php -exec chmod 644 {} \;